大街小巷聽到的是一片議論之聲。人們普遍認為《基督教原理》在傳播教義方面甚至要比馬丁·路德的九十五條論綱還透徹。尤其是其中關于人的等級之分，人們潔身自律的要求太對教徒們的胃口了。同一年里（１５３６），加爾文的足跡延伸到了當時瑞士宗教改革的中心日內瓦。當時的日內瓦宗教改革運動已進行得如火如荼：廢除彌撒、拜圣像、售贖罪券；改進禮拜儀式，改進教會組織，然而當地天主教的勢力依然強大，封建貴族們當時不甘心放棄手中的神權，他們不顧歷史的潮流，妄想蝗臂擋車，所以在當時，新舊兩教進行答辯是件司空見慣的事。新教的另一個教派再洗禮派力量比較強大，主張也要比加爾文教激進得多。

　　他們不斷組織平民起事，破壞天主教堂，拆毀修道院，這一切過激的行動嚇壞了當局，為了不鬧出大亂子，當局先是禁止辯論會的召開，接著開始迫害再洗禮派，平民運動遭到了嚴酷的鎮壓。“城門失火，殃及池魚”，加爾文教派也受到了不同程度的迫害。加爾文不得不再一次惶惶而逃。時光斗轉星移，政局變幻無常。宗教改革的主張畢竟屬于進步的呼聲，歷史的大潮洶涌而來，無人可擋。

　　宗教改革派在日內瓦終于掌握大權，立穩了腳跟，這時他們開始想念加爾文，因為這些新教徒們迫切需要加爾文的宗教理論，需要一個加爾文式能領導群眾的人物。日內瓦市政當局于１５４１年向流落在外的加爾文發出了正式邀請。多年飄泊不定顛沛流離的生活，沒有使加爾文放棄自己的理論主張，他要進行更大規模宗教改革的信心日益堅定。一接到日內瓦當局的邀請函，加爾文便踏上了重回日內瓦的歸程。

　　一路上，他在心中盤算了不下千次的是怎樣進一步把宗教改革推向深入？經過深思熟慮之后，一個宏偉的改革計劃在他的心中逐漸完善、清晰起來了。一回到日內瓦，加爾文便開始了自己的改革。首先，把教會從羅馬教皇的麾下解脫出來，不再受制于羅馬教皇，也不再受制于諸侯。教職是選舉產生的。信奉加爾文教的組織，完全實行政教合一的體制，成為同盟軍，由高級宗教會議統一領導。以此為基礎，日內瓦發生了根本性的轉變，成了一個政教合一的神權共和國。國家法律和宗教紀律，成為約束人們行為的兩條準繩。

　　時至今日，加爾文已成了日內瓦城高高在上的主宰。不論是城內的教會，還是行政當局都要拜伏在他的法杖之下。日內瓦已成為新教的羅馬，加爾文自然順理成章地成了“日內瓦的教皇”。一朝權在手，眼中的世界都改變了顏色。加爾文開始變了。他變得自私、殘暴、唯我獨尊。新教中的其他派別統統被他指斥為“異端”，其境況不比天主教好多少。想當年略占上風的再洗禮派此時成了加爾文的眼中釘，不知出于一種什么樣的陰暗心理，他下令將這一派的信徒全部驅逐出境，否則格殺勿論。

　　加爾文自負、狹隘的本性，在另外一件當時影響很大的事情當中也可略窺見一斑。１５５３年西班牙極負盛名的科學家凱爾·塞爾維特（人體血液循環的發現者之一）來到日內瓦。塞爾維特作夢也沒想到日內瓦會成為自己生命的終點。也許他已忘記了自己當年曾批評過加爾文的教義，但是加爾文沒有忘記。加爾文借口塞爾維特是再洗禮派的支持者，將他處以極刑，盡管當時輿論嘩然，但加爾文毫不手軟，干凈利索地處理了塞爾維特，出了胸中一口惡氣。加爾文教的走紅在于它符合了當時新興資產階級的發展，更在于加爾文對新教的信心和貢獻。加爾文的名字和“加爾文教”永遠地聯系在一起。