統一臺灣，也是康熙皇帝惦念的一件事。鄭成功在收復臺灣以后不久，就生病去逝了。他的兒子鄭經、孫子鄭克爽先后割據著臺注，康熙皇帝力排眾議，決心統一臺灣。在康熙皇帝二十二年（公元一六八三年），清朝將領施瑯率軍攻占了臺灣。從此，清朝政府對臺灣實行了有效的行政管理。這件事對維護國家統一和反對外國侵略有著重要意義。

　　臺灣土地肥沃，物產豐饒，對福建、廣東沿海缺少土地的農民很有吸引力。很多人渡海到臺灣島去謀生。清朝政府總覺得臺灣和大陸之間隔著大海，擔心臺灣島上百姓一旦造反，不好收拾。于是頒布禁令說，若發現"偷渡者"，一律打五十大板，再押送回原籍。但是，無論官府怎樣三令五申，也無濟于事，人們這次渡海不成，下次再來，照樣成群結伙地擁向臺灣。

　　可是，臺灣的官僚地主們霸占了大片田地，向農民征收高額地租，官府的賦稅也層層加碼。加上政治上的嚴密控制，人民的生活很痛苦，人身自由也受到威脅，不滿情緒越來越高。

　　康熙皇帝六十年（公元一七二一年），臺灣發生了海嘯和地震。百姓們以為是天神發怒，就合伙湊錢請戲班來唱戲謝神。臺灣知府王珍認為這是個發財的好機會。他污蔑百姓私自結盟，圖謀不軌。一下子就把四十多人關進了監獄。幾天之后，王珍又借口有人違犯官府禁令進入深山偷砍竹子，把二百多貧苦百姓投入監牢。對于能出錢賄賂他的，立即翻譯；拿不出錢的，打四十大板，押送過海，攆回原籍。臺灣的百姓提起王珍，沒有恨得不咬牙的。很多地方都爆發了反抗官府的起義。"鴨姆皇帝"朱一貴就是當時最著名的起義領袖。

　　朱一貴是福建漳州人，遷居臺灣以后，先在官府當差役，不久又到羅漢門這個地方做起養鴨子的營生。后來，他成了一個養鴨能手。那些"呷呷"亂叫的鴨子，每天早晨和晚上，在他的指揮下居然排著隊出入。當地老百姓見了，不禁暗暗稱奇。朱一貴性格豪爽，喜歡結交各路朋友，有佩帶寶劍的壯士，也有五大三粗的和尚。只要朋友們一來，朱一貴就宰鴨煮酒，同大家一起開懷痛飲，每到夜深人靜的時候，人們還常常聽到朱一貴家里傳出他和朋友們為明朝滅亡而擂胸頓足的痛哭聲。

　　其實朱一貴已經和他的那些好朋友商議起義的事了。朱一貴說："我姓朱，如果說我是明朝皇室后裔，支持咱們的人一定會更多。"大伙都覺得朱一貴說得有理，一致表示說："老朱年紀大，是大哥，我們都愿意打您的旗號。"事后，大家就都去分頭準備。

　　朱一貴有一個盟兄弟是和尚。他奉命到臺灣城內活動，每天敲著木魚，走街串巷，暗中宣傳說，四月份將有大難，大難降臨的時候，只要在門口放一張香案，香案上插一面寫著"帝令"的小旗，就會太平無事了。人們聽了都暗暗記在心里。

　　這一年四月十九日，朱一貴自稱"明朝后裔""大元帥朱"，宣布起義，羅漢門周圍百姓聽說是朱一貴帶頭舉事，都來參加，很快就聚集起了一萬多人。他們興奮得像過節一樣，宰牛煮酒，削竹為槍，整整忙了一夜。

　　第二天拂曉，起義隊隊伍舉著"激變良民，大明重興，大元帥朱"的大旗，興沖沖地出發了。他們首先包圍了離臺灣城僅三十里的崗山清營，清軍還沒明白發生了什么事，一見來了這么多人馬，嚇得四散逃命去了。起義軍毫不費力便打了勝仗。

　　官府得到報告，連忙派游擊將軍周應龍圍剿起義軍。周應龍是個能說會道的大胖子，一向靠逢迎拍馬來討好長官，打起仗來卻沒什么本事。這一次他奉命出戰，不敢不去，只好硬著頭皮強裝好漢。率領清軍開出臺灣城。可這個膽小鬼第一天只走了五里路，就停下來休息，第二天，也不過走了十五里，又停了下來。夜里，起義軍偷襲和周應龍僅隔一條小溪的另一部分清軍。周應龍只是隔著小溪觀戰，卻不敢救援，眼睜睜地看著起義軍殺死清軍守將，繳獲大批軍械，還不敢發一兵一卒。

　　周應龍見到起義軍就像老鼠見到貓，對老百姓卻又是另一副兇神惡煞般的面孔，燒殺搶掠，無惡不作，弄得駐地附近從早到晚雞犬不寧，這樣，百姓們更擁護起義軍了。

　　朱一貴的隊伍就像滾雪球似的，幾天功夫就發展到十萬人，他們一鼓作氣攻下臺灣城，臺灣的文武官員，包括臺廈道梁文宣、臺灣知府王珍，都搭船逃往澎湖去了。臺灣城的老百姓排列起香案迎接起義軍。

　　起義軍進城后，擁戴朱一貴為"大明中興王"，還發表檄文宣告中外：要"橫渡大海，會師北伐，飲馬長城"，重興明朝。朱一貴出身平民，深知官兵騷擾給百姓帶來的危害。他嚴紀律，不準士兵搶掠，因此起義軍深受百姓愛戴。因為朱一貴曾經養過鴨子，所以很多人都親昵地稱他為"鴨姆皇帝"。

　　農民軍及時擴大戰果，很快就控制了臺灣大部分地區。可惜這時候，起義軍內部發生了分裂，力量削弱了，也給清軍造成了可乘之機。福建提督施世驃（施瑯的兒子）率領一萬清兵，渡海打進鹿耳門，不久又攻下臺注城，占領了臺灣府。在慌亂中，朱一貴被手下奸細出賣，獻給了清軍。

　　朱一貴被捆綁著押送到清軍兵營。他岸然直立，不肯下跪，一個官員狠狠地說："看你跪不跪！"說罷命人打斷了朱一貴的腿。朱一貴站不住，就趴在地上，強忍疼痛，對被捕的手下將領說："大丈夫要為忠義而死！"不久之后，朱一貴和眾將被押到北京。他們仍不屈服，都壯烈犧牲了。

　　朱一貴犧牲以后，臺灣人民的反抗斗爭并沒有停止。一些幸免于難的起義將士潛伏在荒野嶺，秘密活動著。后來，臺灣又先后爆發了吳福生起義、黃教起義、尤其是規模浩大的林爽文起義，這些起義雖然都失敗了，但是沉重打擊了清朝的統治。