康熙皇帝除掉鰲拜以后，開始考慮一件大事，就是要削平"三藩"。他把這件事寫成字條，掛在宮里的柱子上，每逢抬頭看見字條，他都要沉思片刻，心里想著：怎么處理才妥當呢？

　　"藩"指的是封建王朝的屬地。"三藩"指的是當時駐守在云南、貴州的平西王吳三桂、駐守在福建的靖南王耿精忠和駐守在廣東的平南王尚可喜這三個藩王。他們原先是明朝鎮守遼東的邊將，后來先后投降了清朝，充當引路人。領著清兵開進中原。他們攻打李自成、張獻忠的農民軍，招降漢放地主。一路打到云南、貴州、廣東、廣西，起著開路先鋒的作用。順治皇帝封他們為王，給予優厚的待遇。可是后來，"藩"的勢力越來越大，以至難以控制，成了朝廷的威脅了。

　　"三藩"當中數吳三桂的地位最高，他被封為"和碩"親王，平西大將軍，管轄著云南、貴州，是那里的"土皇帝"，那兩個省的大小官吏由他任免，稅收一律供他使用，朝廷不能過問。朝廷每年還要從其他各省的稅收中再撥給他白銀兩千萬兩。相當于國家總收入的一半還多。吳三桂把南明桂王的宮殿做為王府，又私自將明朝云南軍閥黔國公的七百頃莊田據為藩莊。為了鞏固權力，他加緊操練軍隊，采買大批軍械馬匹，還給手下將校的兒子和地方權貴們的子弟講授兵法，培養年輕的軍官。吳三桂是個老奸巨猾的人，他怕朝廷對自己不放心，就經常在少數民族地區挑起戰爭，借以表示邊疆多事，少不了他。為了掩人耳目，他花重金從蘇州買回四十個十五歲的歌童舞女，自己每天和文人墨客飲酒賦詩，觀看歌舞，尋歡作樂。尚可喜在廣東、耿精忠在福建也都專橫跋扈，各自為政。只不過他們的地位和權勢都比不上吳三桂。

　　正因為這樣，康熙皇帝親政以后，便把處理"三藩"的問題時掛在心上。面對柱子上的字條，他一次又一次地思考著："'三藩'的氣焰一天比一天囂張，要想長治久安，非撤藩不可！"他打定了主意，先從吳三桂下手。

　　有一天，管理皇帝私人事務的內大臣去看望吳三桂的兒子吳應熊。吳應熊娶了皇太極的第十四個女兒為妻，正做為額駙（就是駙馬）住在北京。談話當中，內大臣開玩笑似地對吳應熊說："當初朝廷賜給平西王大將軍印信是因為西南邊疆有戰事，現在全國平定了，怎么還不上繳大將軍印呢？"吳應熊馬上意識到，這一定是皇帝的意思，連夜派人前往昆明，告訴吳三桂。吳三桂沒有辦法，只好上繳了平西大將軍印。不久，康熙皇帝又派人對吳三桂說："您年紀大了，又有眼疾，不能過于操勞。云南、貴州事務讓地方官去管理吧！"后來，朝廷又借口兵多餉少，裁減了"三藩"手下兵卒。吳三桂見朝廷一再限制他，江青肚子不高興，便做了有朝一日反叛朝廷的準備。

　　康熙十二年（公元一六七三年），平南王尚可喜請求回遼東老家養老，讓兒子尚之信繼承爵位。康熙皇帝正求之不得，立刻同意他回家，可不準他兒子接替爵位，吳應熊在北京聽到風聲，又派人把消息送到昆明。吳三桂馬上把謀士們找來商量。他無可奈何地說："尚可喜提出撤藩，我不提就不好了，所以也準備請求撤藩，試探一下。"一個謀士不同意，勸他說："近來，皇上正找碴整您，您千萬不能像平南王那樣請求撤藩。"吳三桂冷笑著說："我身經百戰，手下猛將如云，不比尚可喜。皇上還年輕，他肯定不敢碰我。"于是，他寫下了請求撤藩了奏折，派人送到北京。耿精忠聽到風聲，也連忙上了奏折，請求撤藩。

　　奏折送到了朝廷，文武大臣議論紛紛，有些大臣平日受了吳三桂的賄賂，這時候便站出來為他說話，對康熙皇帝說："平西王鎮守云貴邊遠地區，一旦撤出，邊疆空虛，對國家不利。況且他家人口眾多，遷移途中，定會騷擾百姓。還是不撤為好。"有些大臣只圖維持現狀，怕得罪吳三桂，也附和著反對撤藩。只有兵部尚書明珠等少數人主張撤藩，他們說："'三藩'準備謀反已經十分明顯，不撤藩，國家永遠不會安寧。"兩派大臣各不相讓，在朝廷上爭吵起來。康熙皇帝默默地聽著，猛然間打斷大家的爭論，斬釘截鐵地說："撤藩他們要謀反，不撤藩他們也要謀反，遲早要謀反，不如我們先發制人。"于是，他下令撤藩，并且派大臣到云南、福建、廣東進行監督。

　　吳三桂沒想到康熙真會同意他的請求。他好像輸了錢的賭徒，又急又恨，決定起兵對抗。他換上了明朝孝服，把軍隊帶到了永歷帝（就是桂王）的墓前，他當眾跪下，一邊拿酒澆地，一邊磕頭如搗蒜。他嚎啕大哭，器得上氣不接下氣，趴在地上，怎么也不起來。這一哭，把軍士們的眼淚也引了出來，都跟著哭了，全軍上下，一片哀聲。

　　吳三桂這個漢奸，過去親自率兵絞殺了永歷帝父子，現在卻又來假惺惺地哭陵。實際是為了試探軍心。他見軍士們也跟著大哭，覺得人心是向著他的，不由得心中暗暗高興。就在這一年，吳三桂把出"復明討清"的旗號，統率人馬向北進軍了。福建的耿精忠馬上響應。尚可喜的兒子尚之信逼死了父親，也從廣東起兵。駐守在貴州、廣西、四川、湖南、湖北的漢族軍閥紛紛攻城掠地，響應吳三桂。吳三桂一路順風，沒有經過多少戰斗，就到達了湖南，只用了幾個月的功夫，他的軍隊輕而易舉地占據了南方六省。

　　"三藩"叛亂，江南失守的消息傳到北京，朝廷上一片混亂。

　　"殺了要撤藩的大臣，趕快求和吧！"

　　"吳三桂兵力強大，不如以長江為界，分疆而治！"

　　這樣的議論在康熙皇帝的耳邊不斷響起，干擾著他的決心。但是，他再次做出決斷：派八旗軍全力討伐吳三桂，堅決鎮壓！

　　對耿精忠、尚之信，康熙皇帝則軟硬兼施。他一方面派他們住在北京的兄弟前往福建和廣東進行勸說，一再保證既往不咎，另一方面，又派八旗軍去攻打他們，把他們逼得走投無路。這種各個擊破的辦法果然奏效，不久，這兩路叛軍都投降了。

　　耿精忠和尚之信被降服，好比給了吳三桂當頭一棒。這個消息傳到他那里的時候，他正在飲酒作樂，聽完報告，臉上立刻沒了笑容，愣了好一會兒，他才憂心忡忡地對謀士們說："皇上這樣年輕，便能做出如此決斷，有這樣高明的手腕，我這回算是完了。我如今是騎在老虎身上啊！"說著，就老淚縱橫，推杯而起。一個謀士說："八旗軍遠道而來，部署未定，我們應該馬上渡過長江，同他們決戰，奪取全國。"吳三桂摸著滿是皺紋的臉，連連搖頭說："我已年近七十，哪有這種雄心？這次起兵，原來是為嚇唬皇上一下。萬沒想到……唉！如今輕易出動，后方必定空虛，將來萬一失敗，就沒有了退路，不如劃江而守吧！"從此，吳三桂悶悶不樂起來。

　　云貴地區本來就土地貧脊，生產落后。吳三桂發兵叛亂以后，糧餉主要靠四川、湖南供應。偏偏這些地方又鬧起饑荒。老百姓連收成都沒有，拿什么供養軍隊呢？他的軍隊一連七個月發不出軍餉，士兵餓得連戰馬都殺了吃了。吳三桂搞割據，鬧分裂，早就被人民痛恨，他的內部自然也矛盾重重。這時候，許多下級軍官和士兵也趁機紛紛逃走，清軍乘虛攻打過來，收復了大片土地。

　　吳三桂還想最后掙扎一下，在康熙十七年（公元一六七八年）三月，撕掉了"復明"的假面具，自稱皇帝，國號叫"大周"，他以衡陽為首都，匆匆忙忙地舉行了登基典禮。可是，眾叛親離，大勢已去，他怎么也高興不起來。當了不到五個月的皇帝，吳三桂就連悉帶氣，得病死了。

　　吳三桂一死，局勢完全被清軍掌握。吳三桂的孫子、十三歲的吳世璠繼承"皇位"以后，放棄衡陽，逃回了云南。清軍勢如破竹，緊緊追趕，相繼收復了湖南、廣西、四川，又在康熙二十年（公元一六八一年），把昆明團團包圍起來，吳世璠困在城內，走投無路，服毒自殺。各地吳軍全部投降。長達八年之久的"三藩"叛亂，被平息了。

　　由于康熙皇帝維護國家統一的決心大，又處事果斷，因此避免了全國的再度混亂和分裂。"三藩"叛亂平定以后，清朝才在全國大部分地區建立了穩固的統治。