胡司死后，捷克人多次在布拉格舉行集會，抗議教皇的暴行和皇帝的失信。甚至捷克的貴族會議也向康斯坦茨宗教大會提出了抗議。人們自發地掀起了反抗教會的斗爭，拒絕交納什一稅，驅逐德國的教士。終于在１４１９年７月爆發了大規模的起義。起義的矛頭指向德國人控制的教會，所以具有爭取民族解放和反對外來壓迫的性質。起義發生在兩個不同的地區，形成了兩個不同的派別。其中以南方的塔波爾城為中心的一派被稱為塔波爾派，他們比較激進，參加者和領導者是下層勞動者。這支起義軍成為胡司戰爭的主力。

　　１４１９年７月２２日，大約有４萬多捷克各地的農民來到了塔波爾城，他們把帶來的多余財物放在街道上的大木桶中，大家可以隨意取用。但是塔波爾派起義者沒有一個明確的統一綱領。他們只是反對一切不合理的事物，要求廢除等級制度，廢除國王，取消繁重的封建義務。他們要求沒收土地分給農民，建立一個美好的共和國。在他們內部，分為兩個公社，一個是內部生產公社，負責戰時的生產供應，另一個是作戰公社，負責保衛他們建立的社會。

　　塔波爾派的主要首領是瓦茨拉夫·科蘭達。另一個派別是以布拉格為中心的圣杯派，他們是胡司起義的溫和派，其成員大多是中產階級和中小貴族。這一派在教士約翰·哲里夫的領導下，于１４１９年７月３０日在布拉格市發動起義，奪取了城市的管理權。他們有具體的管理綱領，于１４２０年擬定了布拉格四條款。他們要求沒收教會財產，捷克宗教獨立，禁止外國人擔任捷克官吏。他們在宗教問題上要求每個人都可以用圣杯領取圣餐，所以被稱為圣杯派。他們的要求還包括傳教自由，可以用任何語言傳教，廢除僧侶對世俗財富的占有，僧侶犯罪也應象平民一樣論處等。胡司起義爆發以后，捷克國王受驚嚇而死。德國皇帝西吉斯孟德兼任捷克國王。由德國皇帝兼任捷克國王的作法遭到人們更強烈的反對。

　　西吉斯孟德從１４２０年４月到１４３１年８月共組織了５次十字軍來鎮壓起義。兩派起義軍團結在杰出的指揮官約翰·杰式卡（１３７８—１４２４年）周圍，英勇抗戰，其中主要的抵抗力量是塔波爾起義軍。杰式卡出身于一個破落的騎士家庭，曾在軍隊中服役，有豐富的作戰經驗，起義爆發后他立即參加了起義軍，并被推舉為起義軍的首領。杰式卡采用了“戰車堡壘”戰術。他把戰車用鐵鏈子聯結起來，圍在步兵的外面，抵御敵人騎兵的沖擊。同時躲在里面的步兵可以通過空隙用撓鉤把敵人拉下馬來。這種方法在戰斗中起了很大作用，多次打退敵人的進攻。致使敵人一聽到塔波爾戰車的隆隆聲和塔波爾戰士的軍歌聲就膽戰心驚，聞聲而逃。

　　１４２１年７月，杰式卡在一次戰斗中負了重傷，僅有的一只好眼睛被箭射中，從此雙目失明。但他仍然繼續指揮戰斗。１４２４年１０月１１日因病去世。他死后起義軍在大普羅可比和小普羅可比的指揮下繼續戰斗。起義軍在得到初步勝利之后，曾發起反擊，一直打到德國境內。但是在一片勝利聲中，起義軍內部發生了分裂。這是因為圣杯派已經達到了他們的目的。他們中的富有者已獲得了一些城市的管理權，取代了德國貴族在捷克的地位。他們害怕起義軍繼續發展壯大，希望結束戰爭。

　　１４３３年，德國封建主和圣杯派在布拉格簽署協定，根據這個協定，宗教會議承認一般教徒可以用圣杯領取圣餐，同時圣杯派已經得到的財產不必歸還。于是圣杯派背叛了起義，和德國人勾結起來共同鎮壓塔波爾派軍隊。

　　１４３４年５月３０日，塔波爾派軍隊和圣杯派軍隊發生激戰，塔波爾派中被對方收買的一些人在戰斗中突然叛變，投向圣杯派，塔波爾派大敗，大普羅可比陣亡，１萬多名塔波爾派戰俘被殺害，許多家屬也在戰后被殺。但塔波爾派余部一直堅持到１４５２年。

　　胡司戰爭作為一場農民反抗封建主的斗爭是失敗了，但作為一次民族獨立運動還是取得了很大成功，對捷克的歷史發展起了重大作用。