以后，司馬遷當了漢武帝的侍從官，又跟隨皇帝巡行各地，還奉命到巴、蜀、昆明一帶視察。

　　司馬談死后，司馬遷繼承父親的職務，做了太史令，他閱讀和搜集的史料就更多了。

　　在他正準備著手寫作的時候，就為了替李陵辯護得罪武帝，下了監獄，受了刑。他痛苦地想：這是我自己的過錯呀。

　　現在受了刑，身子毀了，沒有用了。

　　但是他又想：從前周文王被關在羑里，寫了一部《周易》；孔子周游列國的路上被困在陳蔡，后來編了一部《春秋》；屈原遭到放逐，寫了《離騷》；左丘明眼睛瞎了，寫了《國語》；孫臏被剜掉膝蓋骨，寫了《兵法》。還有《詩經》三百篇，大都是古人在心情憂憤的情況下寫的。這些著名的著作，都是作者心里有郁悶，或者理想行不通的時候，才寫出來的。我為什么不利用這個時候把這部史書寫好呢？

　　于是，他把從傳說中的黃帝時代開始，一直到漢武帝太始二年（公元前９５年）為止的這段時期的歷史，編寫成一百三十篇、五十二萬字的巨大著作《史記》。

　　司馬遷在他的《史記》中，對古代一些著名人物的事跡都作了詳細的敘述。他對于農民起義的領袖陳勝、吳廣，給予高度的評價；對被壓迫的下層人物往往表示同情的態度。他還把古代文獻中過于艱深的文字改寫成當時比較淺近的文字。人物描寫和情節描述，形象鮮明，語言生動活潑。因此，《史記》既是一部偉大的歷史著作，又是一部杰出的文學著作。

　　司馬遷出了監獄以后，擔任中書令。后來，終于郁郁不樂地死去。但他和他的著作《史記》在我國的史學史、文學史上都享有很高的地位。